Una de las alternativas a la cirugía abierta, es la cirugía endoscópica. En este tipo de procedimientos se introducen endoscopios muy delgados, ya sea a través de orificios hechos en la piel, o bien a través de orificios naturales como la uretra. Una vez instalados, se puede llegar a la próstata, vejiga, ureteros y riñones. Estos endoscopios tienen su propia luz que permite iluminar por dentro las cavidades, una cámara que permite filmarlo todo, y un sistema de lentes que permite magnificar la imagen. Estos aparatos tienen canales a través de los cuales se inyecta agua para tener una imagen limpia, y se pueden introducir instrumentos como una fibras láser, pinzas para biopsias, canastillas para remover piedras, etc. Es la forma mas popular de operar la próstata cuando no hay cáncer, retirar tumores de la vejiga, romper piedras y retirarlas tanto de la vejiga como del uréter y riñón.